Полностью видоизмененная впервые за 10 лет конструкция четырехтактного рядного четырехцилиндрового двигателя с жидкостным охлаждением с 16 клапанами. Высокоточные форсунки, измененный угол положения выпускного клапана и гладкие впускные отверстия повышают полноту сгорания топлива.
Полностью обновленные элементы двигателя позволили увеличить его прочность и уменьшить размеры. Более компактный картер двигателя также способствует уменьшению размеров двигателя и увеличению его прочности. Легкие кованые поршни (с короткой юбкой) уменьшают массу и, соответственно, инерцию шатунно-поршневой группы.
Для того чтобы неровности дороги или трека не повредили ходовую часть, при проектировании рамы был заложен идеальный баланс жесткости. В результате измененная посадка водителя улучшает способность чувствовать мотоцикл при движении, а ходовая часть лучше сглаживает неровности дорожного покрытия, не влияя на управляемость мотоцикла.
Пружины новой полностью регулируемой перевернутой вилки расположены в нижней части. Пружины целиком погружены в масло, что позволяет снизить кавитацию и обеспечить постоянство характеристик подвески.
Новая выхлопная система, установленная под сиденьем, оснащена “предкамерой”, расположенной под двигателем и позволяющей использовать легкий компактный глушитель, что также улучшает аэродинамические характеристики новой модели Ninja ZX-6R.
Полуплавающие лепестковые диски из нержавеющей стали диаметром 300 мм и толщиной 6 мм (ранее толщина составляла 5.5 мм).
Коробка передач кассетного типа позволяет быстрее и легче менять передаточные числа, тем самым уменьшая время переключения передачи. Проскальзывающее сцепление с ограничителем обратного крутящего момента легко регулируется.
Применение компактных фар прожекторного типа и нового воздуховода позволило улучшить аэродинамические характеристики переднего обтекателя и уменьшить сопротивление воздуха при движении.